自汉武帝罢黜百家、独尊儒术以后，儒学渐成为中国重要的官方思想。至宋代，儒家思想更是登峰造极，饱读诗书的儒生通过科举成为朝堂中坚，孔圣人也成了至圣文宣王。以儒治天下的法则也被后世明清所承袭，深刻影响了中国乃至整个东亚。
马克思曾说：“落后民族征服先进民族，最终被先进民族的先进文化所征服。”北方游牧渔猎民族入主中原后，都吸取中原地区相对先进的文化制度，从早期的北魏孝武帝移风易俗，到后面的辽金清代皆是如此。元代入主中原后也劝农桑，废世侯，用汉法，定年号。但是元吸取中原文明的程度，却不及北魏辽金和清。最明显的一点，就是儒家思想没有占据统治地位。
那么儒学在蒙元的地位如何呢？
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上图_ 孛儿只斤·铁木真（1162年5月31日—1227年8月25日），即 成吉思汗
元儒地位
第一，蒙元在政治上有限度地采用了儒生的建议。
成吉思汗攻占中都之后，收得耶律楚材兼备顾问。窝阔台即位后，定课税，清户籍。忽必烈开幕金莲川，任用儒士，大幅度地进行改革。但是，这些改革是有限度的是“附会汉法”，“外汉内蒙”。元科举时废时有，实权官中儒士不多，朝廷虽也祭孔，但皇帝从来参加。
第二，儒学被当成宗教一般管理。
元儒自嘲：“十儒九丐。”其实为牢骚话。元人设儒户，儒户田赋多有优免。地方至中央设置官学，由儒生做教官，从事儒学的管理与教学，朝廷加封孔子为大成至圣先师。
这种管理儒学的方式同管理佛道回耶等宗教差不多。元代对天主教神父（也里可温）、伊斯兰教阿訇（达失蛮）以及和尚道士也实行减税政策，也在全国设置相关机构任命教职人员为官僚进行管理。佛教在中央有宣政院，地方设有僧录、僧纲等司；道教设集贤院，地方有提举、都道录等官；天主教设有崇福司，同是自上而下一套类似系统；皆可与儒学教官对等比照。这其实是成吉思汗“每个人都可以有自己的信仰，保持自己祖宗的规矩”兼容并包思想的具体贯彻。
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上图_ 孔子（公元前551年9月28日―公元前479年4月11日）
那么元朝为什么不如同宋金明清那样以儒治国呢？这是元史研究中间的一热点，各个专家学者都就此展开过研究，以下介绍几种较为公认的观点。
元朝建国形势特殊，形成了草原本位思想
蒙元帝国不同于其他的少数民族王朝，他有着独一无二的建国形势：
其一，蒙元是唯一一个在牢固控制了塞北之后，再南下完成对中原农耕地区征服的帝国。
先前的拓拔鲜卑进入中原前，只不过占据代北一角，建立北魏后，北面还面对同是鲜卑人的柔然汗国的威胁；契丹建辽之前，只游牧在西拉木伦河、大兴安岭一带。金崛起于东北，对草原只是羁縻，统治很不稳固。清代到康熙时喀尔喀蒙古才归附，乾隆时才消灭准格尔汗国。
其二，蒙元在进入中原之前，是纯粹的游牧文明，很少和中原文化接触。
北魏和契丹都长期附塞而住，很早就接触了汉文化。女真最早为渔猎文明，并非游牧，并有粗放的种植业，后金努尔哈赤熟读三国，做过李成梁的干儿子，皇太极时就仿照中原定立官制，在经济上，入关前的女真（满族）就有了大量的农耕庄园。
在这两点因素的作用下，蒙元有着强烈草原游牧本位思想，从成吉思汗到蒙哥，“视居庸关以北为内地”，而中原却是“南方边疆”，通过汉世侯进行间接统治。
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上图_ 忽必烈出行图
忽必烈建元以后，统治中心南移，但是以草原为本位的强大思想惯性难以扭转。祖先辉煌的功业，使得后人对祖宗之制十分的自信，“本朝旧法同汉法异，今留汉地，建都邑城郭，遵用汉法，其故如何？”漠北长期的本位经营，也形成了强大的利益集团，草原旧制，分封宗亲功臣，大汗通过赏赐换取封臣的支持，元武宗时，一年封赏合钞八百二十万锭，相当两年财政收入。利益集团绝不会放弃自己嘴边的肥肉：忽必烈改革，漠北西北诸王集体叛变。元英宗登基后，锐意更新，削减赐钞，结果死于军事政变。
总之，独特的建国形势，形成了草原本位思想，并催生了强大的利益集团。儒学的背后是汉代文人士大夫，他们在草原勋贵面前显然处于弱势，儒道不兴，自然在情理中了。
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上图_ 元 版图
元朝幅员辽阔，文化多元
蒙古铁蹄踏遍半个世界，建立了空前大帝国，接触的思想文化也空前多元。这与辽金等朝所接触的先进文明仅汉文化一家有很大不同，儒家思想只是汉文化中的一种，蒙古接触的又不仅是汉文化，在多元体系下，自然很难独尊儒术。
在成吉思汗前，基督教聂斯脱里派（景教）就传入草原，克烈部，乃蛮部就信奉景教，忽必烈的母亲就是景教徒。元定宗贵由汗的亲信就有很多基督徒，“自幼就是基督徒的合答黑曾在贵由身边担任太傅一职，使他的性格深受影响”“世界上所有各个角落的神父和修道士都到他的宫殿里来。”入元之后，基督教更是大行其道，罗马传教士约翰-孟贴-科尔维若一人在大都就给6000人施过洗。
全真丘处机曾随成吉思汗西征，颇得大汗欢心，道教在蒙元也十分盛行，“教门宏阐，前所未有”，乃至“毁西京夫子庙为文成观。”
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上图_ 八思巴（意为圣者；1235年－1280年），又译八合思巴
对元代政治影响最大的还是藏传佛教和阿拉伯文化。1253年八思巴受诏觐见忽必烈，忽必烈即位后，八思巴被册封为帝师，藏传佛教取得了类似国教地位。帝师“皇天之下、一人之上”， “百年之间，朝廷所以敬礼而遵信之者，无所不用其极。”“帝师弟子，司徒，司空，国公者，前后相望。”
蒙古征服中亚和中东，大量穆斯林涌入中原，成为色目人的主要成分，“（色目人）尤多大贾，擅水陆利。天下名域区县邑，必居其精要，专其膏腴。”擅于经商理财，掌握科技文化知识的色目人，被蒙元统治者所重用，元代全国各地各级官员中色目人就占大半。元成宗元贞元年，中书省执宰12人中，色目人就占了10人。
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上图_ 元代官制简表
儒学“重义轻利”，不完全切合统治者需要
忽必烈重用刘秉忠、姚枢、郝经等藩邸儒臣，建元改革，其根本原因是此时中原残破凋敝、经济萧条，行用儒法、劝农桑，立纲纪，能够强化集权，促进生产，符合统治阶级的利益。但过后不久，儒法就在和回回法的斗争中败下阵来。
元代财政压力很大，“素无积储，何以供亿”，中书平章色目人阿合马通过增发钞票、官营矿盐、放高利贷、钩考官员等办法，给朝廷创造了大量收入。但儒臣对此颇为反感。儒家思想到了宋代发展成理学，主张“重义轻利”， “国不以利为利，以义为利也”“德者本也，财者没也”。阿合马理财是 “长国家而务财用者，必小人也。”但儒生的说教在色目人带来的真金白银前毫无吸引力。理学家许衡曾在朝堂怒斥阿合马，也为大汗所不喜，最后罢官而去。
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上图_ 孛儿只斤·爱猷识理答腊（即：元昭宗），书法
后阿合马被“义士”刺杀。太子真金预政，朝廷又开始重用儒生。但新政两年，钞票贬值三倍，财政也近崩溃，“无以付世祖裕国富民之策”忽必烈又罢黜儒臣，复用回回法。
阿合马贪污腐败、搜刮太甚，儒士以义理之道反击，有为民请命之义。但儒士空谈心性者多，经世致用者少，面对严峻经济形势，拿不切实可行的办法，使得儒道不能长久实行。
此外，在统治者面前，儒生高谈阔论，讲循天理灭人欲，远不及喇嘛们的藏密有吸引力，元昭宗说：“李先生教我儒书好多年，我不省书中何义，西番僧教我佛法，我一夕便晓。”
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上图_ 《周礼》是儒家经典，十三经之一
结尾
蒙元一朝，在各种原因的作用下，未沿袭北宋以儒治国那套，显得有些与众不同。这在一方面，体现出元朝在思想文化上开放和包容，元可谓是自唐以后中国最为自由繁荣的朝廷；另外一方面使得元未能很好地融入中原文化，笼络儒士阶层，造成制度混乱，民族矛盾尖锐，导致了国祚的短暂。